m6A甲基化測序—mRNA+lncRNA（lnc-MeRIP）
- 公司名稱 深圳市易基因科技有限公司
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- 廠商性質 生產廠家
- 更新時間 2023/3/3 16:47:10
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大家好，這是專注表觀組學十余年的易基因。
m6A是RNA上的一種修飾，平均每條轉錄本有1~3個m6A修飾。易基因MeRIP-seq技術利用m6A特異性抗體富集發生m6A修飾的RNA片段（包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA），結合高通量測序，可以對RNA上的m6A修飾進行定位與定量，總RNA起始量可降低至10μg，僅需1μg總RNA。廣泛應用于組織發育、干細胞自我更新和分化、熱休克或DNA損傷應答、癌癥發生與發展、藥物應答等研究領域；可應用于動物、植物、細胞及組織的m6A檢測。
大樣本量m6A-QTL性狀關聯分析，傳統MeRIP單個樣品價格高，通常難以承擔。易基因開發建立MeRIP-seq2技術，顯著提成IP平行性，實現不同樣本間相對定量，降低檢測成本。
易基因提供適用于不同科研需求的MeRIP技術：
m6A甲基化-常量mRNA 甲基化測序（MeRIP-seq）
m6A甲基化-常量mRNA +lncRNA甲基化測序（lnc-MeRIP-seq）
m6A甲基化-微量mRNA +lncRNA甲基化測序（Micro-lnc-MeRIP-seq）
高通量m6A甲基化-常量mRNA甲基化測序（MeRIP-seq2）
研究方向：
m6A甲基化目前主要運用在分子機制的理論性研究
疾病發生發展：腫瘤、代謝疾病（如肥胖/糖尿病）、神經和精神疾病（如阿爾茲海默癥/抑郁癥）、炎癥…
發育和分化：早期胚胎發育、個體/組織/器官生長發育、干細胞分化與命運決定、衰老
環境暴露與響應：污染、抗逆、生活方式
技術優勢：
起始量低：樣本起始量可降低至10-20μg，僅需1μg總RNA；
轉錄組范圍內：可以同時檢測mRNA和lncRNA；
樣本要求：可用于動物、植物、細胞及組織的m6A檢測；
重復性高：IP富集重復性高，降低抗體富集偏差
應用范圍廣：廣泛應用于組織發育、干細胞自我更新和分化、熱休克或DNA損傷應答、癌癥的發生與發展、藥物應答等研究領域。
技術路線：
實驗策略：
圖：微量MeRIP-seq實驗流程
分析內容：
送樣要求：
技術選擇：
經典案例：
項目文章
縱向轉錄組分析揭示了m6A甲基化修飾在豬胚胎期骨骼肌發育中的重要作用
Zhang X,et al.Longitudinal epitranscriptome profiling reveals the crucial role of N6-methyladenosine methylation in porcine prenatal skeletal muscle development. J Genet Genomics. 2020 Aug;47(8):466-476.
背景
m6A是的一類mRNA修飾，可以促進骨骼肌的發育。然而m6A甲基化在胚胎期骨骼肌生成中的狀態和功能仍不清楚。
方法
研究人員首先證明METTL14（一種m6A甲基轉移酶）沉默可抑制成肌細胞的分化，促進C2C12 成肌細胞增殖。采用m6A-seq（MeRIP-seq）測序方法，對豬骨骼肌發育六個胚胎期的縱向轉錄組和表觀轉錄組圖譜進行分析。
結論
MeRIP-seq結果顯示：胚胎期骨骼肌發育六個不同階段的m6A修飾呈現高度的動態變化，且大多數受影響的基因在與骨骼肌發育相關的通路中富集。IGF2BP1 RIP-seq證實了胰島素樣生長因子2 mRNA結合蛋白1(IGF2BP1)靶向與骨骼肌發育相關通路的76個基因，包括關鍵肌肉發育標記基因MYH2和MyoG。此外 siRNA介導的 IGF2BP1沉默可抑制成肌細胞分化，促進其增殖，類似于METTL14 沉默所觀察到的表觀遺傳變化。本研究不僅闡明了肌肉發育中m6A甲基化的動力學，且確定了參與豬胚胎期骨骼肌發育基因表達的關鍵基因。
圖：胚胎期骨骼肌發育六個不同階段的縱向轉錄組和表觀轉錄組表征
參考文獻：
Zhang X,et al.Longitudinal epitranscriptome profiling reveals the crucial role of N6-methyladenosine methylation in porcine prenatal skeletal muscle development. J Genet Genomics. 2020 Aug;47(8):466-476.
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